Der Althistoriker Egon Flaig hat sich gegen die Aussage muslimischer Verbandsfunktionäre gestellt, der Islam gehöre zur Geschichte Europas. In einem Kommentar für das Nachrichtenmagazin „Focus“ widersprach Flaig unter anderem dem Vorsitzenden der Türkischen Gemeinde in Deutschland, Kenan Kolat. Verbände mit Sonderinteressen könnten ein kulturelles Gedächtnis pflegen, das ohne historische Wahrheit auskomme, so der an der Universität Rostock lehrende Professor.
Diese Wahrheit bestünde darin, dass die „theokratische Durchdringung des Politischen“ in der islamischen Welt für republikanische Gemeinwesen, wie sie Europa prägten, nicht den mindesten Spielraum gelassen habe. „Wo hat es je unter islamischer Herrschaft sich selbst verwaltende Bürgerschaften gegeben, wo beschließende Volksversammlungen, wo Parlamente? Nirgendwo finden wir reguläre Wahlen, nirgendwo Abstimmungen, nirgendwo städtische Verfassungen, nirgendwo ein Rathaus“, schreibt Flaig in „Focus“. Heute gebe es islamische Strömungen, die nicht der Scharia folgten, und den mächtigen Scharia-Islam. Der Unterschied sei fundamental für die Chancen von Demokratie und Menschenrechten: „Wie der Nationalsozialismus die Menschen in Herrenmenschen und Untermenschen auf rassischer Basis spaltete, so hat die Scharia eine religiöses Apartheid-System geschaffen. Ferner verlangt die Scharia, dieses System über die Welt auszudehnen. Der Scharia-Islam darf getrost als Islamofaschismus bezeichnet werden, als der momentan gefährlichste Rechtsradikalismus der Welt“, so Flaig. Niemals habe dieser Islam zu Europa gehört. Vielmehr habe sich die europäische Kultur nur deshalb zu bilden vermocht, weil sie sich mehr als 1.000 Jahre lang gegen die ständigen Angriffe der islamischen Sultanate und Emirate behauptet habe. Nur ein Islam unter dem Dach des Grundgesetzes, folgert Flaig, könne Teil unseres Landes sein.