Grüne und Linkspartei haben zwar grundsätzlich begrüßt, dass die SPD nun ebenfalls im Bundestag eine parlamentarische Untersuchung der Neonazi-Morde und des Versagens von Sicherheitsbehörden einleiten will, jedoch Kritik am vorgelegten Konzept der Sozialdemokraten geübt. Grünen-Fraktionschefin Renate Künast bemängelte in der „Saarbrücker Zeitung“ (Freitagausgabe), dass die SPD die Arbeit des Untersuchungsausschusses zunächst nur auf Bundesbehörden beschränken wolle. „Es darf keine Beschränkungen des Untersuchungsauftrages geben“, sagte die Grünen-Politikerin.
Man werde sich „sehr kritisch“ mit dem von SPD-Fraktionsgeschäftsführer Thomas Oppermann vorgelegten Konzept auseinandersetzen. So sei der von der SPD für die Untersuchung durch eine Bund-Länder-Expertenkommission vorgesehen Fragenkatalog aus ihrer Sicht zu einem großen Teil Sache des künftigen parlamentarischen Untersuchungsausschusses. Künast verwies darauf, dass ihre Partei schon Mitte Dezember die Einsetzung eines solchen Untersuchungsausschusses beantragt habe. „Es ist gut, wenn sich andere jetzt auch auf den Weg machen“. Für die Linkspartei sagte deren Justitiar Wolfgang Neskovic der „Saarbrücker Zeitung“ (Freitagausgabe), seine Fraktion habe nichts gegen eine Bund-Länder-Expertenkommission, „so lange die Arbeit des Untersuchungsausschusses nicht eingeschränkt wird“. Dieser benötige jederzeit ein Zugriffsrecht auf Informationen und Zeugen auch aus den Ländern, etwa den Landesämtern für Verfassungsschutz. Mit ihrer anfänglichen Ablehnung eines Untersuchungsausschusses habe die SPD „die Dinge zwei Monate lang verzögert. Das hat wertvolle Zeit gekostet.“ FDP-Fraktionsvize Gisela Piltz sagte der „Saarbrücker Zeitung“, ihre Partei stehe allen Möglichkeiten offen gegenüber, „die effektiv für Aufklärung sorgen“. Der Grundatz „viel hilft viel“ nütze hier aber nicht, sagte Piltz unter Hinweis darauf, dass der Untersuchungsausschuss nach SPD-Vorstellungen zusätzlich zu der von den Innenministern vereinbarten Expertenkommission arbeiten soll. Es müsse sichergestellt sein, „dass gerade die Vorgänge in den Ländern erfasst sind, die der Bund nicht abschließend wird aufklären können“. In jedem Fall sollten alle Beteiligen in Bund und Ländern jetzt an einem Strang ziehen, „und nicht mit taktischen Spielchen versuchen, Verantwortung zu verschleiern“, forderte Piltz.